Vegetația se încadrează în subregiunea floristică chino-japoneză. Caracteristic pentru aceasta zonă sunt pădurile temperate umede și cele umede subtropicale. Cele temperate sunt reprezentate prin păduri de conifere, de foioase etc, iar cele subtropicale prin magnolii, bambuși, liane, etc. Aproximativ 66% din suprafața Japoniei este acoperită de păduri.
Fauna aparține subregiunilor euro-siberiană și chino-manciuriană (ursul japonez, maimuța japoneză, cocoșul japonez). Diversitatea și unicitatea peisajului arhipelagului japonez a determinat considerarea a numeroase regiuni drept parcuri naționale.
Soluri tropicale
